Desa Waringin Kencana  tumbuh dan berkembang dari sejarah wilayah pemukiman program transmigrasi di Kabupaten Barito Kuala pada tahun 1980.  Secara historis, wilayah Kecamatan Wanaraya (termasuk Desa Waringin Kencana) awalnya merupakan bagian dari wilayah Kecamatan Belawang.

Dasar hukum pembentukan Desa Waringin Kencana di Kecamatan Wanaraya, Kabupaten Barito Kuala, merujuk pada pembentukan wilayah induknya, yaitu Kecamatan Wanaraya yang dimekarkan dari Kecamatan Belawang melalui Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 28 Tahun 1995 tentang Pembentukan 8 (Delapan) Kecamatan di Wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Banjar, Hulu Sungai Tengah, Barito Kuala, Tanah Laut, Hulu Sungai Utara, Tabalong Daerah Tingkat I Kalimantan Selatan

Desa Waringin Kencana resmi menjadi bagian dari 13 desa yang menyusun wilayah administratif Kecamatan Wanaraya.

Desa Waringin Kencana dikenal sebagai salah satu lumbung dan pusat pertanian di Wanaraya dengan komoditas seperti padi, sawit, jeruk, dan karet.

Saat ini desa Waringin kencana dipimpin oleh Bapak Samuji dan tumbuh menjadi Desa yang makmur.